هر فردی که در پی شناخت اشیا باشد ، از آن دو چیز مى‏فهمد، یکى هستى آن واقعیت و شى‏ء و دیگرى  چیستى آن واقعیت و شى‏ء که در اصطلاح به هستى، وجود و به چیستى ماهیت گویند. مثلاً وقتى که به یک انسانى برمى‏خوریم، از  آن دو چیز مى‏فهمیم. یکى چیستى و ماهیت انسانى او دیگرى به هستى او و وجود. بنابر این همه‏ى واقعیات امکانى دور و بر ما  داراى دوجهت وجودى و ماهوى هستند. حال سؤالى به ذهن خطور مى‏کند که آیا جهت وجودى متن تک تک این واقعیّات را پر  کرده و ماهیت از آن انتزاع مى‏شود و یا این که نه، جهت ماهوى متن تک‏تک این واقعیات را پر کرده و وجود از آن انتزاع مى‏شود. به  تعبیرى آیا وجود اصیل است و ماهیت اعتبارى؟ یا ماهیت اصیل است و وجود اعتبارى؟ پاسخ با توجه به براهین متعدد بر اصالت  وجود است، نه اصالت ماهیت. ما یکى از مهم‏ترین و در عین حال ساده‏ترین برهان اصالت وجود را در اینجا متذکر مى‏شویم:

  هرگاه به ماهیت اشیاء توجه کنیم، درخواهیم یافت که ماهیت فى حد نفسها به خودى خود، وجودى را براى خویشتن خویش  اقتضاء نمى‏کند و در ذات خود وجودى نهفته ندارد. هم چنان که اقتضاى عدم خویش را ندارد و به تعبیرى فنّى از ماهیت «من حیث  هى هى لیست الاّ هى لاموجوده و لامعدومه» و هنگامى لباس واقعیت در آن دیده مى‏شود که از ناحیه علّتى چون خدا به او وجود  داده شود. پس ماهیت فى حد نفسه واقعیت پیدا نمى‏کند و بلکه با وجود، واقعیت‏دار مى‏شود. پس ماهیت نمى‏تواند متن واقع را پر  کرده باشد و اصیل باشد. بنابر این چون ماهیت نفس واقعیت نیست و به برکت وجود واقعیت‏دار مى‏شود، پس وجود به واقعیّت  بودن سزاوارتر است و تنها خودش متن واقع را پر کرده و اصیل مى‏باشد و البته در این فضا اشکالات مختلفى طرح مى‏شود که از  ناحیه اصالت ماهویها عنوان شده و با زبان محکم و شیرین صدرالمتألهین و اصالت وجودى‏ها پاسخ داده شد که چون در این گفتمان  گروه‏ها اصطلاحات فنى به کار مى‏رود از بیان این اشکالات معذورم.

طبق نظر ملاصدرا تمام حرکات عرضیه، معلول حرکات طبایع و جواهر خویش است تا زمانى که جوهر یک شى درحرکت نباشد اعراض آن ممکن نیست حرکت کند. این حرکت همچنان که در طبیعت جریان دارد در انسان نیز موجوداست. این حرکت در طبیعت مادى بدن در جریان است بدین صورت که جواهر مادى  انسان با حرکات عرضى آن درحرکت است. این تکامل و حرکت طبیعى بدن خارج از اختیار انسان مى‏باشد مثل قواى هاضمه، قلب، عروق... که اصطلاحا از آن به حرکات قسرى یاد مى‏شود. البته ایشان مبدأ حرکات طبیعى بدن را نفس انسانى مى‏داند که بحثى جدا دارد.

    اما حرکت دیگر انسان که مربوط به کمالات نفسانى است کاملاً در اختیار او قرار دارد که حرکت جوهرى نفس نامیده مى‏شود.

    نفس انسانى به سبب قواى عقل نظرى در حیطه تفکر و عقل عملى در حیطه عمل تکامل جوهرى پیدا مى‏کند.بدین صورت که هر آنچه مى‏اندیشد و بدان ملتزم مى‏شود و عقیده‏اى که بدان ایمان دارد طبق نظر ملاصدرا در جوهرنفس انسان تغییر حاصل مى‏شود و هکذا در اندیشه‏اى که موج صدور عمل از او مى‏شود و فعلى را که به سبب اعتقادى انجام مى‏دهد باز جوهر نفس انسانى است که در آن تغییر و تحول رخ مى‏دهد و حرکتى از او به سوى مرحله‏اى جدید انجام مى‏شود که از آن به تکامل نفس و حرکت جوهرى نفس یاد مى‏شود، پس حرکت جوهرى نفس به اختیار خود انسان است بلکه مى‏توان گفت اختیار انسان حرکت نفس را جهت مى‏دهد یا او را در راه سعادت و یا در مسیر شقاوت مى‏داند و در هر دو حال نفس انسان وارد مرحله جدیدى شده و از قوه به فعلیتى جدید رسیده و تکاملىکسب کرده، حال این تکامل یا به سوى سعادت او ختم مى‏شود یا موجب شقاوت او مى‏گردد. لذا ملاصدرا در توجیه تنزل نفس به مراحل پست در عین این که او متوجه کمالات عالى است مى‏گوید: انتقال نفس به وجه نزول منافاتى باتوجه نفس به کمالات مافوق ندارد چون که خروج از قوه به فعل در شیئى از کمالات حیوانى نه تنها منافى شقاوت اخروى نیست بلکه مؤکد او نیز قرار مى‏گیرد، چرا که طرق آخرت متفاوت است یک راه طریق سعادت و رسیدن به نشئه کرامت و قرب به خدا است و راه دیگر طریق شقاوت و رسیدن به نشئه انتقام و دورى از رضوان خدا است»،(اسرارالایات، ص 149).